Отменить все изменения, сделанныe в дереве, до состояния, которое было при последнем commit в локальный репозиторий можно командой:
git reset --hard
А вот удалить файлы, которые были добавлены вручную и еще не добавлены в индекс гита, можно с помощью команды:
git clean -fdx
Эта команда удалит все новые файлы, пустые каталоги, и то что попадает под действие .gitignore
Важно: ключ -n вместо -f застаяляет git clean не выполнять реальных действий по удалению, а вывести на экран все что будет удалено.